在2025年全國大專校院運動會中，馮翊新率領臺北市立大學桌球隊在公開男生組團體賽決賽中，以3：1擊敗國立體大，成功奪回失去一年的金牌，並同時摘得男單金牌。他在團體賽中與林彥均搭檔，先以直落三擊敗輔大，決賽中則分別在第2、4點男單擊敗蘇昱綸和彭王維，助隊伍順利奪冠。馮翊新曾在111年全大運男單奪金，這次成功復仇，擊敗過去兩年一直敗給的對手林彥均。他坦言，年初狀態不佳，但在亞洲盃擊敗南韓選手張禹珍後找回信心。今年，他將首次參加世大運，並計劃突破世界排名進入前40，避免參加國手選拔賽。